我国水污染控制的管理制度基本上是在计划经济体制下形成的，特点是公益型事业主要由国家包揽，污染源的控制主要靠“行政管理”。专家指出，随着向市场经济转轨，制度必须调整，治理污染的方法必须科学。
国家环保总局水处处长郝春曦指出，长期以来，我们一直在讲“谁污染，谁治理”，这个口号仅仅强调了企业的责任，政府的责任强调得不够，使很多人误认为防治水污染主要是企业的事。实际上解决一个城市、一个地区的水污染问题，政府的责任更重。
在环保投入方面，据计算，仅“三河三湖”（淮河、辽河、海河，太湖、滇池、巢湖）的治理就需资金近1200亿元。郝春曦说，由于环保工程虽然社会效益好，直接经济效益却往往见效期长，并且我国还没有针对环保工程制订有关的优惠政策，在企业普遍不景气，银行承贷评估条件和资金管理越来越严格的情况下，微观形势更加严峻，阻碍了环保产业的发展。另外，资金问题也是制约城市污水处理厂发展的关键，如果污水处理厂的管理不实现向企业化方向转轨，完全由财政负担各种费用，城市污水处理厂将很难发展起来。必须把国家投入机制、银行贷款机制和污水处理厂企业化管理机制等结合起来，实现“投资社会化、治污集约化、运行市场化、管理企业化”，污水处理厂的建设和运行才能走出困境。
我国在五六十年代建成的一大批大中型企业和工业基地普遍存在着能源资源消耗高、环保设施不足、污染严重等问题，而七八十年代开始发展起来的乡镇企业大部分没有任何治理措施。“八五”期间，我国城市日供水能力新增2979万吨，而污水处理能力仅增加436万吨。1996年，全国城市生活污水排放量约150亿吨，全国640多座城市中，仅有污水处理厂160个，处理率仅为6．7％。大量城市污水不经处理直接排放是造成河流、湖泊严重污染的主要原因。
中国农科院贾大林研究员指出，治理城市污水，科学方法很重要。一方面应当考虑将提高水费和普及节水措施结合起来。二是当前工业废水与生活污水没分开，污染重的与污染轻的没分开，易处理的与不易处理的没分开，所以将城市污水分类处理是当务之急。第三是除了提倡工业废水循环利用、清洁生产外，还需要求所有出厂废水都经过处理。绝大部分工业废水处理方法的重点应放在一级处理上，如用“暴气法”，投资不多，除去重金属、沉淀固体物、去除悬浮物，让水变清，变得无毒，就可以了，不需要二级、三级处理，因为城市污水作为农业灌溉用水是一个好办法，溶在水中的氮、磷和有机物，正好用作肥料。这就是发达国家广泛采用的污水“土壤处理法”。水浇灌庄稼后，一部分蒸发，一部分下渗为地下水，氮、磷和有机物都留在地表为植物所吸收。当然，由于污水的“水源”复杂，城市污水作为灌溉用水还得科学指导，谨慎行事。
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